短程分子蒸馏器在天然产物的分离领域应用很广阔

短程分子蒸馏就可以利用在设备正中心的内置冷凝器，对那些飞得比较远的分子收集。学名就是这些分子的自由行程比较长。

通过改变整个体系里面的温度和真空度。就可以得到某几类或某一类不同的分子。基于这些原理，就收集到了不同的组份。

对于高沸点、热敏及易氧化物料的分离,分子蒸馏提供了良佳分离方法。因为短程分子蒸馏在远低于物料沸点的温度下操作，而且物料停留时间短。

短程分子蒸馏技术，尤是在香料领域应用很广阔。在烟用香精香料中，它通过改变温度和真空度，可以得到不同密度的产品。产品的密度不同，就证明它里边某一类或几类物质所占的百分比不同。因此在调香领域，就可以通过收集不同密度的产品，来给烟草进行增香。调出不同口感的卷烟。

此技术可很有成效的脱除液体中的物质如有机溶剂、臭味等，这对于采用溶剂萃取后液体的脱溶是很有成效的方法；

此技术可有选择地蒸出目的产物，去除其它杂质，通过多类分离可同时分离2种以上的物质；短程分子蒸馏器设备的分馏过程是物理过程，因而可很好地保护被分离物质不受污染和侵害。